Ο Φ.Ι.ΛΟ.Σ. έδωσε ιδιαίτερη βαρύτητα στην έκδοση επιστημονικών συγγραμμάτων, διότι αυτά λειτουργούν διαχρονικά υπέρ της ενημέρωσης και πνευματικής καλλιέργειας των φίλων της έρευνας και της ανάγνωσης και προβάλλουν την περιοχή των Τρικάλων στον χώρο των επιστημών και της λογοτεχνίας. Μέσα από τις εκδόσεις του Φ.Ι.ΛΟ.Σ., οι οποίες προσπαθούν για την επιστημονική και αισθητική αρτιότητα, αναδεικνύονται η τοπική ιστορία και λαογραφία, τα μνημεία και ο πολιτισμός, αλλά επίσης και τεκμηριωμένες θέσεις για τα εθνικά μας θέματα (ιδίως για το ανακινούμενο, πολλές φορές, Κουτσοβλαχικό Ζήτημα). Στο ετήσιο περιοδικό «ΤΡΙΚΑΛΙΝΑ», που εκδίδεται ανελλιπώς από το 1981 και στη σειρά αυτοτελών εκδόσεων «ΚΕΙΜΕΝΑ ΚΑΙ ΜΕΛΕΤΕΣ» (από το 1987 έως σήμερα έχουν εκδοθεί 15 τόμοι), έχουν συνεργαστεί διακεκριμένοι Έλληνες και ξένοι ερευνητές. Ο Φ.Ι.ΛΟ.Σ. εκδίδει επίσης και μια τρίτη σειρά αυτοτελών εκδόσεων με τον τίτλο «ΤΡΙΚΑΛΙΝΟΙ ΛΟΓΟΤΕΧΝΕΣ», η οποία περιλαμβάνει, κυρίως, συλλογές πεζογραφημάτων ή ποιημάτων νέων Τρικαλινών λογοτεχνών (έχουν εκδοθεί 6 βιβλία). Η εγκυρότητα και χρησιμότητα των εκδόσεων του Φ.Ι.ΛΟ.Σ. αποδεικνύεται και από το γεγονός ότι πολλές μεγάλες βιβλιοθήκες του εξωτερικού τις προμηθεύονται.

Ο τιμοκατάλογος των εκδόσεων του Φ.Ι.ΛΟ.Σ. είναι διαθέσιμος ΕΔΩ.